Su arquitecto, el sacerdote D. Pedro de Asúa y Mendía, concebirá sobre una superficie cuadrada de 10.437 m2, una estructura en la que, a modo de parrilla, se distribuyen cinco pabellones, con sótano, planta principal y tres alturas. De ellos, uno se destinará para Latinos, otro para Filósofos y dos para Teólogos, pudiéndose albergar así a más de medio millar de seminaristas. El último, que conformará la fachada principal, se reservará para la ubicación de las salas de visitas, habitaciones del Obispo, Rectoral, Salón de Recepciones y Biblioteca. En los dos extremos de esta fachada sobresalen la Capilla Pública y el Salón de Actos.
La separación de pabellones no excluye la unidad del conjunto edificado, lograda a través de la disposición de amplias galerías que los comunican. Además, en la parte posterior del edificio se levanta otro pabellón paralelo al de la fachada, aunque de menor altura, que será destinado a cocina y comedores.